卵巢囊肿大部分都是良性，浆液性、黏液性的囊肿。手术的时候能只是把囊肿拿掉，卵巢不动，手术之后恢复正常之后是不影响怀孕。

如果卵巢囊肿是巧克力囊肿，巧克力囊肿是子宫内膜异位囊肿，子宫内膜异位到卵巢而出现巧克力囊肿，即使剥除完之后，手术之后也可能会再复发而且还会影响排卵，如果是巧克力囊肿是会影响怀孕的。

这种情况，手术之后恢复两到三个月，就要尽快的积极的备孕，生完孩子之后再复发也不那么可怕了，再复发再手术也不至于影响到排卵，将来不怀孕，所以巧囊之后要尽快的怀孕。